益生菌爭論的焦點是是否將二氧化碳視為導致全球變暖的空氣污染物，以及EPA益生菌是否應採取更多措施來調節二氧化碳的排放。原告的情況是，益生菌必須將二氧化碳視為一種空氣污染物，因為科學已經證明它是影響全球變暖的主要溫室氣體。他們認為二氧化碳對公共安全構成威脅的定義使其屬於《清潔空氣法》所規定的EPA管轄範圍，他們有責任通過清潔燃燒的汽車對其進行監管。
布什政府和EPA試圖爭辯說，碳排放超出了《清潔空氣法案》所概述的EPA的控制範圍。辯論中的《清潔空氣法》中的措詞是，EPA管理者有責任為機動車確定“任何空氣污染物”的排放標準，他認為這會造成空氣污染並影響公共健康/福利。
政府的排放方法與集中飼養動物的方法相同：什麼也不做，讓主要的汽車公司相互合作以找到解決二氧化碳問題的方法。儘管已有科學證據支持了該理論，但EPA管理員還對人造二氧化碳排放是否是導致全球變暖的真正原因進行了辯論。該訴訟由下級法院辯論，試圖確定原告是否具有法律地位，儘管哥倫比亞特區巡迴法院裁定贊成持久授權書，但該案最終被提交最高法院。